室町時代末期、川越城を攻略した北条氏康は家老大導寺駿河守政繁を城将としました。
信仰厚い母堂の蓮馨尼は、感譽上人に帰依しており、川越に感譽上人を招き蓮馨寺、見立寺を建立しました。

感譽上人は、永禄6年（1563）～9年（1566）増上寺の十世を勤め、辞して蓮馨寺に帰り、翌年蓮馨尼が没すると導師を勤めました。大蓮寺の開創が蓮馨尼の没年月日となっていることから蓮馨尼の菩提を弔うために開山されたと思われます。感譽上人は学徳高く信徒3000人弟子600人、数多くの高僧を育て、その中には徳川家康公が深く帰依した存応上人（観智国師）がいます。開創は9ヶ寺あります。

その後延宝年間（1673～1680）七世超譽上人代に火災にあい本堂、古記を焼失、大蓮寺に信仰のあった川越城主酒井河内守の支援により、同年間再建しました。現在の本堂は万延元年（1860）再々建、客殿は平成７年（1998）新築されました。